Những Doanh nghiệp, HTX, Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư, Tổ chức khác có hoạt động kinh doanh hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra nhưng không đạt “Ngưỡng doanh thu 1 tỷ đồng” nêu trên. Nếu muốn áp dụng theo phương pháp khấu trừ thuế thì cơ sở kinh doanh phải đăng ký tự nguyện và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ theo quy định.
Doanh nghiệp, HTX phải có đơn đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo thời gian qui định đề nghị áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.