Hiện nay khung pháp lý cao nhất cho hoạt động kiểm toán nội bộ là Luật Doanh nghiệp (cũ và mới). Khái niệm đầu tiên liên quan đến kiểm toán nội bộ quy định trong luật là ban kiểm soát do cổ đông bầu ra. Tuy nhiên, vai trò, chức năng, trách nhiệm của ban kiểm soát còn quá mơ hồ, làm công việc của thanh tra mang tính chất đột xuất, theo yêu cầu hơn là thường xuyên.
Các doanh nghiệp nhà nước có thêm một quy định, hướng dẫn về vấn đề kiểm toán nội bộ (Quyết định 832/TC/QQĐ/CĐKT năm 1997). Theo đó, phòng kiểm toán nội bộ vẫn báo cáo lên tổng giám đốc như một bộ phận thuộc sự điều hành của tổng giám đốc. Điều này làm giảm tính độc lập của phòng kiểm toán nội bộ, vì toàn bộ hệ thống quản lý trong doanh nghiệp (do ban giám đốc quy định) đều là đối tượng đánh giá của kiểm toán nội bộ. Trong khi đó, theo thông lệ phổ biến trên thế giới, phòng kiểm toán nội bộ chịu trách nhiệm báo cáo trực tiếp lên cho ban kiểm soát hoặc hội đồng quản trị, tức là cấp cao hơn ban giám đốc.
Ở Việt Nam, trong những năm qua, ban kiểm soát ở các doanh nghiệp nhà nước và một số ngân hàng đã hoạt động nhưng chưa mang lại hiệu quả do vai trò, chức năng, trách nhiệm chưa rõ ràng và còn thiếu công cụ để thực hiện công tác giám sát.
Ở các loại hình công ty khác, hoạt động kiểm toán nội bộ ít nhiều đã hình thành khi các công ty thực hiện hệ thống quản lý chất lượng hay môi trường (ISO). Các công ty có được chứng chỉ ISO bắt buộc phải thực hiện đánh giá nội bộ (thực chất là kiểm toán nội bộ) ít nhất mỗi năm một lần về mức độ tuân thủ các tiêu chuẩn ISO. Việc đánh giá này thường do một ban hay một bộ phận - thường gọi là ban ISO hay ban đảm bảo chất lượng - thực hiện và báo cáo lên tổng giám đốc. Tuy nhiên, do đánh giá nội bộ chỉ giới hạn ở việc tuân thủ các tiêu chuẩn của ISO (chủ yếu về mặt thủ tục, văn bản), nên hầu như không giúp cải tiến nhiều về hệ thống kiểm soát ở công ty. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp thực hiện ISO đã nhận ra điều này và đã thiết lập bộ phận đánh giá nội bộ ở cấp độ cao hơn, đầy đủ hơn và thực chất hơn.
Ở Việt Nam, việc xây dựng kiểm toán nội bộ trong doanh nghiệp chắc chắn sẽ phát triển trong thời gian tới cùng với sức phát triển của thị trường chứng khoán Việt Nam. Sự đòi hỏi của các nhà đầu tư về một hệ thống quản trị chuyên nghiệp sẽ buộc các doanh nghiệp phải chú ý xây dựng hệ thống kiểm toán nội bộ sao cho thật hiệu quả.
Các doanh nghiệp nhà nước có thêm một quy định, hướng dẫn về vấn đề kiểm toán nội bộ (Quyết định 832/TC/QQĐ/CĐKT năm 1997). Theo đó, phòng kiểm toán nội bộ vẫn báo cáo lên tổng giám đốc như một bộ phận thuộc sự điều hành của tổng giám đốc. Điều này làm giảm tính độc lập của phòng kiểm toán nội bộ, vì toàn bộ hệ thống quản lý trong doanh nghiệp (do ban giám đốc quy định) đều là đối tượng đánh giá của kiểm toán nội bộ. Trong khi đó, theo thông lệ phổ biến trên thế giới, phòng kiểm toán nội bộ chịu trách nhiệm báo cáo trực tiếp lên cho ban kiểm soát hoặc hội đồng quản trị, tức là cấp cao hơn ban giám đốc.
Ở Việt Nam, trong những năm qua, ban kiểm soát ở các doanh nghiệp nhà nước và một số ngân hàng đã hoạt động nhưng chưa mang lại hiệu quả do vai trò, chức năng, trách nhiệm chưa rõ ràng và còn thiếu công cụ để thực hiện công tác giám sát.
Ở các loại hình công ty khác, hoạt động kiểm toán nội bộ ít nhiều đã hình thành khi các công ty thực hiện hệ thống quản lý chất lượng hay môi trường (ISO). Các công ty có được chứng chỉ ISO bắt buộc phải thực hiện đánh giá nội bộ (thực chất là kiểm toán nội bộ) ít nhất mỗi năm một lần về mức độ tuân thủ các tiêu chuẩn ISO. Việc đánh giá này thường do một ban hay một bộ phận - thường gọi là ban ISO hay ban đảm bảo chất lượng - thực hiện và báo cáo lên tổng giám đốc. Tuy nhiên, do đánh giá nội bộ chỉ giới hạn ở việc tuân thủ các tiêu chuẩn của ISO (chủ yếu về mặt thủ tục, văn bản), nên hầu như không giúp cải tiến nhiều về hệ thống kiểm soát ở công ty. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp thực hiện ISO đã nhận ra điều này và đã thiết lập bộ phận đánh giá nội bộ ở cấp độ cao hơn, đầy đủ hơn và thực chất hơn.
Ở Việt Nam, việc xây dựng kiểm toán nội bộ trong doanh nghiệp chắc chắn sẽ phát triển trong thời gian tới cùng với sức phát triển của thị trường chứng khoán Việt Nam. Sự đòi hỏi của các nhà đầu tư về một hệ thống quản trị chuyên nghiệp sẽ buộc các doanh nghiệp phải chú ý xây dựng hệ thống kiểm toán nội bộ sao cho thật hiệu quả.
