Theo quy định tại TT 129/TT-BTC ngày 26-12-2008 của BTC về thuế GTGT có hiệu lực thi hành từ 1-1-2009 và công văn số 3046/BTC-TCT ngày 20-3-2009 của BTC hướng dẫn thêm về điều kiện chứng từ thanh toán qua NH để được khấu trừ hoàn thuế GTGT, hàng hóa dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn từ 20 triệu đồng (giá đã có thuế GTGT) nếu không có chứng từ thanh toán qua NH thì không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT.
Còn trường hợp mua hàng hóa dịch vụ của một nhà cung cấp, mỗi lần mua có hóa đơn GTGT dưới 20 triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày thì căn cứ vào tổng giá trị hàng hóa mua trong ngày của các hóa đơn để xác định: nếu từ 20 triệu đồng trở lên thì phải có chứng từ thanh toán qua NH.
Dựa vào quy định ở TT129 ở trên thì cho dù công ty bạn và cty bán hàng ký bao nhiêu hợp đồng trong bao nhiêu ngày thì việc hóa đơn được xuất nhiều lần trong ngày có giá trị từ 20trđ trở lên đều phải thanh toán bằng chuyển khoản qua NH thì mới được khấu trừ thuế GTGT của những hóa đơn đầu vào này.
Phương thức thanh toán qua ngân hàng hợp lệ là chuyển tiền từ tài khoản công ty mua sang tài khoản người bán.