Nghị định quy định rất cụ thể việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Cụ thể, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (HHDV) sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ; nếu sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ.
Trường hợp HHDV sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của HHDV sử dụng cho sản xuất, kinh doanh HHDV chịu thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; nếu không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh số chịu thuế so với tổng doanh số HHDV bán ra.