3/ Trường hợp người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ (không phát sinh số thuế GTGT phải nộp) thì người nộp thuế không phải nộp bổ sung số thuế sau khi kê khai bổ sung, điều chỉnh, không tính phạt nộp chậm tiền thuế GTGT. Số thuế GTGT không được khấu trừ của kỳ kê khai bổ sung điều chỉnh, người nộp thuế điều chỉnh giảm vào tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh (đưa vào phụ lục số 01-3/GTGT từ đó đưa lên chỉ tiêu số [35] trên tờ khai thuế GTGT số 01/GTGT).
Trong trường hợp này Cơ quan thuế không nhập dữ liệu mẫu số 01/KHBS và không điều chỉnh giảm số GTGT còn được khấu trừ vào tờ khai thuế GTGT bổ sung của kỳ kê khai bổ sung điều chỉnh, mà chỉ nhập dữ liệu trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh.
Thí dụ 3:
Công ty C vào tháng 11/2009 lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh của hồ sơ khai thuế GTGT tháng 1/2009 làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ từ 200 triệu xuống còn 100 triệu đồng (giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 100 triệu) thì người nộp thuế không phải nộp số thuế GTGT 100 triệu và không phải tính phạt chậm nộp, mà điều chỉnh giảm số GTGT không được khấu trừ của tháng 1/2009 vào tờ khai thuế GTGT của tháng 11/2009 (tháng lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh).
Hồ sơ Công ty C nộp cho cơ quan thuế:
- Tờ khai bổ sung điều chỉnh mẫu 01/KHBS của kỳ kê khai thuế GTGT điều chỉnh tháng 1/2009
- Tờ khai thuế GTGT bổ sung tháng 1/2009 (giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 100 triệu đồng)
- Tờ khai thuế GTGT tháng 11/2009 và các phụ lục kèm theo (nếu có)
- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có)
Cơ quan thuế quét mã vạch hoặc nhập dữ liệu:
Trong trường hợp này Cơ quan thuế không nhập dữ liệu hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS và dữ liệu ghi bộ điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT bổ sung của tháng 1/2009 mà chỉ nhập dữ liệu của tờ khai thuế GTGT tháng 11/2009 (trong đó có điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của tháng 1/2009 là 100 triệu)