4. Trong thời gian đang thực hiện miễn thuế, giảm thuế, nếu cơ sở kinh doanh thực hiện nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải theo dõi hạch toán riêng thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán riêng thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế xác định bằng (
tổng thu nhập chịu thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) của doanh thu hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế so với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ tính thuế.
Trường hợp trong năm quyết toán thuế, cơ sở kinh doanh có các hoạt động sản xuất, kinh doanh vừa có hoạt động lãi, vừa có hoạt động lỗ (trừ hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất, chuyển nhượng vốn, hoạt động đầu tư ở nước ngoài) thu nhập chịu thuế được xác định như sau:
- Nếu hoạt động sản xuất kinh doanh có lãi thuộc diện miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, thì cơ sở kinh doanh có thể lựa chọn:
+ Hạch toán riêng lãi của hoạt động ưu đãi để thực hiện miễn thuế, giảm thuế theo quy định, hoạt động lỗ được chuyển lỗ theo chế độ quy định;
+ Lấy lãi của hoạt động đang được ưu đãi để bù lỗ cho hoạt động khác, nếu còn lãi thì ưu đãi, nếu còn lỗ thì chuyển lỗ;
- Nếu hoạt động kinh doanh miễn thuế, giảm thuế bị lỗ thì bù lỗ từ hoạt động kinh doanh có lãi.
Sau khi bù trừ, phần thu nhập còn lại áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất của hoạt động kinh doanh có thu nhập.
5. Cơ sở kinh doanh đang trong thời gian hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp có tổ chức lại doanh nghiệp (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất), chuyển đổi sở hữu doanh nghiệp theo quy định của pháp luật thì cơ sở kinh doanh mới sau khi có sự thay đổi nêu trên tiếp tục hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đơn vị đang được hưởng cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại, nếu vẫn đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư.
6. Năm miễn thuế, giảm thuế xác định phù hợp với Kỳ tính thuế. Thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn thuế, giảm thuế tính liên tục kể từ Kỳ tính thuế đầu tiên cơ sở kinh doanh bắt đầu có thu nhập chịu thuế (chưa trừ số lỗ các Kỳ tính thuế trước chuyển sang). Trường hợp, Kỳ tính thuế đầu tiên cơ sở kinh doanh có thu nhập chịu thuế, nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ dưới 12 tháng thì cơ sở kinh doanh có quyền đăng ký với cơ quan thuế tính thời gian miễn thuế, giảm thuế ngay Kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc tính từ Kỳ tính thuế tiếp theo. Trường hợp cơ sở kinh doanh đăng ký thời gian miễn giảm thuế vào kỳ tính thuế tiếp theo thì phải xác định số thuế phải nộp của kỳ tính thuế đầu tiên để nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.