Căn cứ hướng dẫn tại điểm 1.7b mục VI, phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30/12/2002 hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07/11/2002 của Chính phủ về việc in, phát hành, sử dụng, quản lý hoá đơn.
Tại công văn số 4963/TC/TCT ngày 23/11/2000 của Bộ Tài chính gửi Cục thuế các địa phương về việc xử lý trường hợp mất hoá đơn hướng dẫn: trường hợp cơ sở kinh doanh làm mất hoá đơn mua hàng bản gốc (Liên 2) trước ngày 5/5/2000 vì các lý do khách quan - thiên tai, mất cắp... và đã gửi cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý các hồ sơ sau:
- Công văn giải trình về việc mất hoá đơn, nêu rõ lý do và các hoá đơn bị mất về ngày, tháng mua hàng, đơn vị bán hàng, loại hoá đơn mua, giá mua và cam kết của đơn vị về việc kê khai đúng thực tế.
- Bản sao hoá đơn Liên 1 , có xác nhận ký tên, đóng dấu của đơn vị bán hàng chứng thực.
- Xác nhận của cơ quan thuế địa phương quản lý đơn vị bán hàng về việc đơn vị bán hàng đã kê khai nộp thuế GTGT cho số hàng hoá ghi trên tờ hoá đơn bị mất.
Căn cứ hồ sơ của cơ sở kinh doanh về việc mất hoá đơn, cơ quan thuế quản lý tiến hành xử phạt vi phạm hành chính. Sau khi đã xử phạt vi phạm hành chính thì xem xét chấp nhận hồ sơ thay thế hoá đơn gốc (liên 2) bị mất của cơ sở mua hàng để làm căn cứ tính thuế GTGT và thuế TNDN.
