Đối với doanh nghiệp thuộc diện được giảm 30% số thuế TNDN phải nộp theo Thông tư số 03/2009/TT-BTC ngày 13/01/2009 và thông tư số 12/2009/TT-BTC ngày 22/01/2009 của Bộ Tài chính:
- Kê khai số thuế TNDN được miễn giảm quý 4/2008: Đến thời điểm này, đã hết hạn nộp tờ khai quý 4/2008, do vậy doanh nghiệp kê khai số thuế TNDN được miễn giảm quý 4/2008 vào tờ khai Quyết toán thuế TNDN năm 2008. Doanh nghiệp tự xác định số thuế miễn giảm 30% của quý 4/2008 theo thông tư 03, kê khai số thuế miễn giảm đó vào phụ lục 03-4A/TNDN trong đó có check vào điều kiện ưu đãi là “Ưu đãi khác theo các quy định còn đang được hưởng” và được tổng hợp lên chỉ tiêu C4“Thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn, giảm trong kỳ tính thuế” trên tờ khai 03/TNDN, đồng thời tính lại chỉ tiêu số thuế TNDN phải nộp cả năm và cuối cùng ghi bổ sung 1 dòng chi tiết “Trong đó số thuế TNDN được giảm theo thông tư 03 là.....” vào trước dòng cam đoan trên tờ khai. Đối với doanh nghiệp sử dụng phần mềm HTKK thì ghi tay bổ sung sau khi đã in ra tờ khai mã vạch.
- Kê khai tờ khai quý 1, 2, 3, 4 năm 2009: Doanh nghiệp tự xác định số thuế miễn giảm 30% của quý theo thông tư 03, kê khai số thuế miễn giảm đó vào chỉ tiêu “Thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn, giảm trong kỳ tính thuế”, đồng thời tính lại số thuế TNDN phải nộp của quý và ghi bổ sung 1 dòng chi tiết “Trong đó số thuế TNDN được giảm theo thông tư 03 là.....” vào trước dòng cam đoan trên tờ khai. Đối với doanh nghiệp sử dụng phần mềm HTKK thì ghi tay bổ sung sau khi đã in ra tờ khai mã vạch.
