1. Hàng hoá nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan Hải quan, được tái xuất ra nước ngoài.
2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng không xuất khẩu, nhập khẩu.
3. Hàng hoá đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng thực tế xuất khẩu hoặc nhập khẩu ít hơn.
4. Hàng hoá nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu nếu đã nộp thuế nhập khẩu thì được hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu.
5. Hàng hoá đã nộp thuế nhập khẩu sau đó xuất khẩu trong các trường hợp sau:
a) Hàng hoá nhập khẩu để giao, bán cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam;
b) Hàng hoá nhập khẩu để bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định của Chính phủ.
6. Hàng hoá tạm nhập khẩu để tái xuất khẩu hoặc hàng hoá tạm xuất khẩu để tái nhập khẩu theo phương thức kinh doanh hàng hoá tạm nhập, tái xuất; hàng hoá tạm xuất, tái nhập và hàng hoá nhập khẩu uỷ thác cho phía nước ngoài sau đó tái xuất đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu (trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 16 của Nghị định này).
7. Hàng hoá đã xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam thì được xét hoàn thuế xuất khẩu đã nộp và không phải nộp thuế nhập khẩu.
8. Hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba thì được xét hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp tương ứng với số lượng hàng thực tế tái xuất và không phải nộp thuế xuất khẩu.
9. Máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất (bao gồm cả mượn tái xuất) để thực hiện các dự án đầu tư, thi công xây dựng, lắp đặt công trình, phục vụ sản xuất, khi nhập khẩu phải kê khai nộp thuế nhập khẩu theo quy định, khi tái xuất ra khỏi Việt Nam sẽ được hoàn lại thuế nhập khẩu. Số thuế nhập khẩu hoàn lại được xác định trên cơ sở giá trị sử dụng còn lại của hàng hoá khi tái xuất khẩu tớnh theo thời gian sử dụng, lưu lại tại Việt Nam. Trường hợp hàng hoá đã hết giá trị sử dụng thì không được hoàn lại thuế.
10. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu qua đường dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh quốc tế mà doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ này đã nộp thuế thay cho chủ hàng nhưng không giao được hàng hoá cho người nhận phải tái xuất, tái nhập hoặc trường hợp hàng hoá bị tịch thu, tiêu hủy theo quy định của pháp luật thì được hoàn lại số tiền thuế đã nộp.
11. Trường hợp có sự nhầm lẫn trong kê khai, tính thuế, nộp thuế (bao gồm cả đối tượng nộp thuế và cơ quan Hải quan) thì được hoàn trả số tiền thuế nộp thừa nếu sự nhầm lẫn đó xảy ra trong thời hạn 365 (ba trăm sáu lăm) ngày trở về trước, kể từ ngày phát hiện có sự nhầm lẫn. Ngày phát hiện có sự nhầm lẫn là ngày ký văn bản xác nhận giữa đối tượng nộp thuế và cơ quan Hải quan.
12. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu nhưng sau đó được miễn thuế theo quyết định cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
