Về hành vi vi phạm chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, Tổng cục thuế đã có văn bản số 2703/TCT- PCCS ngày 31/07/2006 hướng dẫn như sau: Tại điểm 9, mục IV, phần B Thông tư số 41/2004/TT-BTC ngày 18/05/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2004/NĐ-CP ngày 25/02/2004 của Chính phủ quy định về việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế hướng dẫn: “Trường hợp đối tượng nộp thuế theo phương pháp kê khai đang trong thời gian hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp bị phát hiện có những vi phạm như tăng chi phí để tăng số lỗ, tăng chi phí để giảm lãi, giảm chi phí để tăng lãi và xác định không đúng các điều kiện để hưởng ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì:
Nếu vi phạm được kiểm tra phát hiện ngay trong những năm được ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì không xử phạt trốn thuế mà thực hiện xử phạt vi phạm hành chính khác liên quan.
Nếu những vi phạm nêu trên chưa được kiểm tra phát hiện mà cá nhân, tổ chức không tự điều chỉnh hậu quả làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp của năm tiếp sau khi hết thời hạn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì những vi phạm trên sẽ bị xử phạt trốn thuế”.
Cơ sở kinh doanh đang trong thời gian được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan thuế kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ giảm thuế thì cơ sở kinh doanh không được hưởng giảm thuế đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp tăng thêm; ngoài ra cơ sở kinh doanh còn bị truy thu và xử phạt vi phạm hành chính vì làm giảm số thuế phải nộp ngân sách Nhà nước.
Trong thời kỳ giảm thuế nếu cơ quan thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì cơ sở kinh doanh chỉ được hưởng giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp kiểm tra phát hiện.
Nếu vi phạm được kiểm tra phát hiện ngay trong những năm được ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì không xử phạt trốn thuế mà thực hiện xử phạt vi phạm hành chính khác liên quan.
Nếu những vi phạm nêu trên chưa được kiểm tra phát hiện mà cá nhân, tổ chức không tự điều chỉnh hậu quả làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp của năm tiếp sau khi hết thời hạn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì những vi phạm trên sẽ bị xử phạt trốn thuế”.
Cơ sở kinh doanh đang trong thời gian được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan thuế kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ giảm thuế thì cơ sở kinh doanh không được hưởng giảm thuế đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp tăng thêm; ngoài ra cơ sở kinh doanh còn bị truy thu và xử phạt vi phạm hành chính vì làm giảm số thuế phải nộp ngân sách Nhà nước.
Trong thời kỳ giảm thuế nếu cơ quan thuế kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm theo quy định nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì cơ sở kinh doanh chỉ được hưởng giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp kiểm tra phát hiện.
