Bạn xem lại hợp đồng thầu phụ với nhà thầu chính xem khoản này có thỏa thuận gì không? Nhưng theo mình thì nếu Công ty bạn làm XD mà phát sinh Doanh thu tại tỉnh khác thì phải đóng thuế này rồi. Đây là khoản Dthu của Công ty bạn chứ đâu phải là của nhà thầu chính, nhà thầu chính chỉ có Dthu là phần chênh lệch giá bán lại công trình thôi mà. Chắc thời điểm phát sinh DThu của bạn vẫn đang thực hiện theo TT 60?
Tại khoản 6, Mục II, Phần B Thông tư số 60 quy định:
1. Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%) trên doanh thu hàng hoá, dịch vụ chưa có thuế giá trị gia tăng với chi cục thuế quản lý địa phương nơi kinh doanh, bán hàng.
2. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 06/GTGT.
3. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với chi cục thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để chuyển sang nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
4. Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.
Chúc bạn làm tốt!