Các mức thuế suất thuế GTGT nêu trên đây được áp dụng thống nhất cho từng loại hàng hóa, dịch vụ ở các khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công hay kinh doanh thương mại. Trong quá trình thực hiện nếu có trường hợp hướng dẫn thực hiện mức thuế giá trị gia tăng theo Danh mục Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư này hoặc mức thuế giá trị gia tăng áp dụng không thống nhất đối với cùng một loại hàng hoá nhập khẩu và sản xuất trong nước thì cơ quan thuế địa phương và cơ quan hải quan địa phương vẫn thực hiện thu thuế theo mức thuế suất đã thông báo hoặc trả lời cho cơ sở kinh doanh, đồng thời tổng hợp báo cáo về Bộ Tài chính. Bộ Tài chính sẽ căn cứ quy định tại Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003, Nghị định số 148/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 và Nghị định số 156/2005/NĐ-CP ngày 13/12/2005 của Chính phủ để hướng dẫn thực hiện.
Ví dụ 14: Hàng may mặc áp dụng thuế suất là 10% thì mặt hàng này ở khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công hay kinh doanh thương mại đều áp dụng thuế suất 10%.
