Thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp chế xuất

[bapnuong36]

Công ty em là doanh nghiệp chế xuất 100% vốn Hàn Quốc, theo thông tư 219 /2013 có phần:
"Các trường hợp không được áp dụng thuế suất o%
- Xăng, dầu bán cho xe ô tô của cơ sở kinh doanh trong khu phi thuế quan mua tại nội địa;

- Xe ô tô bán cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan;

- Các dịch vụ do cơ sở kinh doanh cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan bao gồm: cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động; dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan);"
Điều này có nghĩa là khi công ty em mua xe oto vẫn phải chịu thuế 10%, và không được khấu trừ khoản thuế này đúng không ạ?
Và việc hạch toán như thế nào ?
Em lấy ví dụ như hóa đơn tiền ăn: 1.000.000 thuế VAT 100.000
Hạch toán : Nợ 331 1.100.000
Có 642 1.100.000

Và từ trước tới h công ty em cũng không làm tờ khai thuế giá trị gia tăng, tất cả tiền thuế đều tính vào chi phí.
Em xin hỏi làm như vậy có đúng không và liệu số tiền thuế đấy công ty em thực hiện kê khai thì có được hoàn hay không, vì là doanh nghiệp chế xuất nên không có thuế đầu ra vì vậy ko có thuế đầu ra để khấu trừ.
Mong mọi người giúp đỡ