5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
c) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc giảm số tiền thuế đã được hoàn, căn cứ vào hồ sơ khai bổ sung, điều chỉnh người nộp thuế nộp số tiền thuế tăng thêm hoặc nộp lại số tiền thuế đã được hoàn, đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp hoặc số tiền thuế đã được hoàn, số ngày chậm nộp và mức xử phạt theo quy định tại Điều 106 Luật Quản lý thuế, Điều 12 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP.
d) Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh làm giảm số tiền thuế phải nộp của kỳ kê khai bổ sung, điều chỉnh, thì số thuế điều chỉnh giảm được bù trừ vào số thuế phải nộp của lần tiếp theo hoặc làm thủ tục hoàn thuế.
e) Việc kê khai bổ sung điều chỉnh thuế GTGT trong một số trường hợp cụ thể được thực hiện như sau:
Trường hợp 1: Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ (không phát sinh số thuế GTGT phải nộp) thì người nộp thuế không phải nộp bổ sung số thuế sau khi kê khai bổ sung, điều chỉnh; không tính phạt nộp chậm tiền thuế GTGT. Số thuế GTGT không được khấu trừ của kỳ kê khai bổ sung, điều chỉnh, người nộp thuế kê khai vào chỉ tiêu - Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh.
Trường hợp 2: Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ, số thuế GTGT còn được khấu trừ đã được người nộp thuế dừng khấu trừ, đã lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT và cơ quan thuế đã có quyết định hoàn thuế GTGT, thì người nộp thuế căn cứ vào hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh để nộp số tiền thuế đã được hoàn đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp, số ngày chậm nộp (thời hạn tính phạt chậm nộp được tính từ ngày cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế đến ngày doanh nghiệp nộp lại số tiền thuế đã hoàn) theo quy định tại Điều 106 Luật Quản lý thuế.
Trường hợp 3: Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ, đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp thì đối với số thuế điều chỉnh tăng, người nộp thuế nộp số tiền thuế tăng thêm đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp, số ngày chậm nộp và mức xử phạt theo quy định; đối với số thuế GTGT được khấu trừ bị điều chỉnh giảm người nộp thuế không phải nộp bổ sung số thuế sau khi kê khai bổ sung, điều chỉnh, không tính phạt nộp chậm tiền thuế GTGT. Số thuế GTGT không được khấu trừ, người nộp thuế điều chỉnh vào chỉ tiêu – Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh.
Trường hợp 4: Người nộp thuế sau khi nộp hồ sơ thuế GTGT cho cơ quan thuế, phát hiện sai sót cần kê khai bổ sung điều chỉnh nhưng không làm tăng, giảm số thuế GTGT phải nộp (sai sót về doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra, mua vào v.v…), thì người nộp thuế có văn bản giải trình kèm theo tờ khai thuế GTGT mới thay thế, không lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS.
