- TT 130/2016/TT-BTC quy định:
"Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế."
- TT 219/2013/TT-BTC quy định về việc khấu trừ thuế GTGT:
1. Hóa đơn chứng từ phải mang tên chi nhánh
2. Phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
- TT 156/2013/TT-BTC quy định mẫu biểu kê khai:
Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư bao gồm:
- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;
- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
=> Chi phí phát sinh trước thời điểm có giấy phép dự án nếu đã kê khai mẫu 01/GTGT ở công ty mẹ thì chi nhánh không được hoàn thuế. Bạn có thể làm công văn tham khảo trường hợp nếu tại thời điểm phát sinh chi phí trước khi có giấy phép đầu tư , chi nhánh có văn bản úy quyền công ty mẹ chi hộ những khoản này cho chi nhánh, sau khi có giấy phép công ty mẹ tập hợp chi phí và xuất hóa đơn cho chi nhánh những khoản đã chi hộ thì chi nhánh thanh toán chuyển khảon các khoản chi phí này. Như vậy, dựa giấy ủy quyền, bảng kê chi phí, hóa đơn photo các khảon chi hộ , hóa đơn của công ty mẹ xuất và chứng từ thanh toán chi nhánh kê khai khấu trừ vào mẫu 02