Hoá đơn đầu vào kê khai sau hoá đơn đầu ra

[dltm2006]

Công ty mình mua hàng nội địa thuê gia công sau đó xuất bán thành phẩm cho DN khu chế xuất. Nhưng do mua hàng nội địa là mua trả chậm nên người bán chưa xuất hoá đơn GTGT cho đến khi công ty mình thanh toán hết tiền hàng; còn khi xuất bán cho DN khu chế xuất, công ty mình làm thủ tục xuất khẩu nên đã xuất hoá đơn GTGT cho người mua tháng 4/2009 và đã kê khai thuế GTGT đầu ra. Sau khi kê khai thuế GTGT tháng 4/2009. cán bộ thuế yêu cầu công ty mình giảm trừ đầu ra đã kê khai và không công nhận đầu vào. Vậy mình giải quyết như thế nào? Mong các bạn giúp đỡ.