I- Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT:
1- Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế trong các trường hợp sau:
a/ Cơ sở kinh doanh trong 3 tháng liên tục trở lên (không phân biệt theo quý của năm dương lịch cũng như niên độ kế toán) có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế. Trường hợp này áp dụng cho cả cơ sở kinh doanh có đầu tư mới, đầu tư chiều sâu.
...
b/ Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng. Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên, nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của tháng phát sinh nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của tháng phát sinh từ 200 triệu đồng trở lên (thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết bao gồm cả thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước) thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng.
Đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu, gia công chuyển tiếp, hàng hoá xuất khẩu để thực hiện dự án đầu tư ra nước ngoài, đối tượng hoàn thuế là cơ sở có hàng hoá uỷ thác xuất khẩu, gia công chuyển tiếp xuất khẩu, doanh nghiệp đầu tư ra nước ngoài hoặc doanh nghiệp được uỷ thác xuất khẩu.
2- Đối với cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra, và thời gian đầu tư từ một năm trở lên thì cơ sở kinh doanh vẫn phải lập tờ khai thuế hàng tháng và được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm dương lịch. Nếu số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch).
....
Trường hợp thuế đầu vào doanh nghiệp tổng hợp từng quý lớn hơn 200 triệu đồng thì doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch).
3- Đối với cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư của cơ sở sản xuất đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, Cơ sở kinh doanh phải lập tờ khai thuế mẫu số 01B/GTGT, lập hồ sơ hoàn thuế riêng cho dự án đầu tư theo từng năm, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên được xét hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch).
Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
4- Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có thuế GTGT nộp thừa, số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết.
5- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
6- Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các dự án sử dụng vốn ODA thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.
7- Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá tại Việt Nam để viện trợ thì được hoàn lại tiền thuế GTGT đã trả ghi trên hoá đơn GTGT khi mua hàng.
...
Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn điểm 1, 2, 3, 4, 5, 7 Mục I này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép đầu tư; có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau thời gian đã lập hồ sơ hoàn thuế.
Trường hợp tháng trước thời gian xin hoàn thuế cơ sở có số thuế GTGT nộp thừa thì cơ sở được tính cộng thuế GTGT nộp thừa vào số thuế GTGT đề nghị hoàn trong kỳ, trường hợp cơ sở có số thuế nộp thiếu thì phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào NSNN trước khi được hoàn thuế.
8- Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo Pháp lệnh về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam được hoàn lại số thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT. Cơ sở kinh doanh tại Việt Nam bán hàng hóa, dịch vụ cho các đối tượng này khi lập hóa đơn GTGT vẫn phải tính thuế GTGT. Đối tượng, hàng hóa, dịch vụ, thủ tục hồ sơ hoàn thuế cho trường hợp này theo hướng dẫn tại Thông tư số 08/2003/TT-BTC ngày 15/1/2003.
