Các trường hợp cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu hoặc hàng hoá được coi như xuất khẩu nêu tại điểm d nêu trên, nếu đã có xác nhận của cơ quan Hải quan (đối với hàng hóa xuất khẩu) nhưng không có đủ các thủ tục, hồ sơ khác đối với từng trường hợp cụ thể thì không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Riêng đối với trường hợp hàng hoá gia công chuyển tiếp và hàng hoá xuất khẩu tại chỗ, nếu không có đủ một trong các thủ tục, hồ sơ theo quy định thì phải tính và nộp thuế GTGT như hàng hóa tiêu thụ nội địa. Đối với cơ sở kinh doanh có dịch vụ xuất khẩu nếu không đáp ứng điều kiện về thanh toán qua ngân hàng hoặc được coi như thanh toán qua ngân hàng thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế đầu vào.
