2- Đối với cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra, và thời gian đầu tư từ một năm trở lên thì cơ sở kinh doanh vẫn phải lập tờ khai thuế hàng tháng và được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm dương lịch. Nếu số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch).
Ví dụ 22: Cơ sở kinh doanh mới được thành lập năm 2003, trong năm 2003 thực hiện đầu tư phần giá trị xây lắp là 6 tỷ đồng, giá trị máy móc, thiết bị 2 tỷ.
- Thuế GTGT đầu vào của vật tư dùng trong xây lắp là 400 triệu.
- Thuế GTGT của máy móc, thiết bị là 200 triệu.
Đến cuối năm 2003, công trình chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh, chưa có doanh thu nên chưa phát sinh thuế GTGT phải nộp. Sau khi lập báo cáo quyết toán thuế GTGT năm 2003, xác định số thuế đầu vào 600 triệu, thì cơ sở làm hồ sơ đề nghị cơ quan thuế giải quyết hoàn số tiền thuế GTGT là 600 triệu cho cơ sở.
Trường hợp thuế đầu vào doanh nghiệp tổng hợp từng quý lớn hơn 200 triệu đồng thì doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế theo quý (3 tháng liên tục không phân biệt theo năm dương lịch).
