Ngày 23/4/2014 Tổng cục Thuế có công văn số 5845/BTC-TCT ngày 26/4/2014 thống nhất hướng dẫn thực hiện việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
- Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt mà mức đầu tư từ 1 tỷ đồng trở lên thì thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
- Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế, doanh nghiệp, hợp tác xã đồng thời gửi đến cơ quan thuế phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt (bản photocopy có đóng dấu sao y bản chính) cùng với văn bản cam kết đầu tư, mua sắm tài sản cố định máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong thời gian 12 tháng. Trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã chưa đủ điều kiện chứng minh giá trị tài sản đầu tư, mua sắm đạt mức 1 tỷ đồng hoặc trên 1 tỷ, doanh nghiệp, hợp tác xã không được phát hành hóa đơn.