Trường hợp cơ sở kinh doanh vừa có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT vừa có hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT nhưng không hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ thì thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh số bán ra của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT và tổng doanh số bán hàng hóa, dịch vụ trong kỳ. Hàng tháng cơ sở kinh doanh tạm tính thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ % phát sinh của tháng kê khai, khi lập Bảng phân bổ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong năm phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cả năm theo tỷ lệ (%) thực tế của doanh số bán cả năm (đến hết 31/12 hàng năm).