Hoàn Thuế GTGT (bảng kê chứng từ chứng minh XK)

Dear anh/chị, em đang làm bộ hồ sơ hoàn thuế nhưng gặp phải vấn đề như sau ạ: bên em khi XK, làm TK xuất 1 số lượng nhưng thực tế xuất ít hơn và sau đó bên em có làm BB để xác nhận số thực xuất. Đồng thời kế toán làm luôn Comercial Invoice ứng với số lượng ban đầu và 1 CI ứng với số lượng giảm (để tổng 2 CI này trùng với số lượng thực xuất). Giờ trên bảng kê (kèm theo hồ sơ hoàn thuế) thì em phải xử lý trường hợp này như nào ạ, em có nghĩ đến 2 cách:
Cách 1: sẽ kê khai 2 CI này bình thường (CI thứ 2 sẽ để số âm)
Cách 2: em sẽ cộng 2 CI này lại với nhau
Nhưng có vấn đề thêm là trên bảng kê mỗi CI sẽ ứng với 1 TK và số lượng trên TK sẽ giống số lượng trên CI, nếu làm cả 2 cách trên thì sẽ không có TK tương ứng để điền vào.
Anh/chị nào gặp trường hợp như này hướng dẫn giúp em với, em cảm ơn ạ